Pieksämäen vapaaseurakunnan toimintaan kuuluu tapahtumia ja tilaisuuksia kaikenikäisille. Pääosa tilaisuuksista järjestetään Vapaakirkossa (Koulukatu 12). Joskus kokoonnutaan myös kodeissa. Lisäksi Hankasalmen asemalla toimii Pieksämäen vapaaseurakuntaan kuuluva Hankasalmen rukouspiiri.
Sunnuntain jumalanpalvelus on koko seurakunnan yhteinen tapahtuma. Se kokoaa aikuisten lisäksi yhteen nuoria ja lapsia. Jumalanpalvelukset, kuten vapaaseurakunnan muutkin tilaisuudet ovat kaikille avoimia tapahtumia.
Jumalanpalveluksissa on monissa muissa tilaisuuksissa on musiikilla keskeinen merkitys.
Vapaaseurakunnan toiminassa ja työmuodoissa ovat vastuunkantajina tavallisesti vapaaehtoiset seurakunnan jäsenet. Jumalanpalveluksissa on usein vierailevia julistajia.
Jumalanpalvelusten ja muun viikottaisen toiminnan lisäksi seurakunta järjestää retkiä ja tapahtumia. Yksi perinteisiä tapahtumia on Kevätretki Pöyhölän Pappilaan, jossa nautitaan yhdessäolosta ja hyvästä ruuasta.